Grazie ai ritrovamenti dei resti di alcuni villaggi palafitticoli rinvenuti nei laghetti di Sovenigo, si è potuto affermare che questa zona era abitata durante l’epoca preistorica. Visitando il monte Boccale si possono incontrare delle lapidi appartenenti al periodo romanico, la più spettacolare è murata nella porta della parrocchiale di San Michele. Il paese visse la dominazione longobarda, testimoniata da documenti che attestano le proprietà di alcuni longobardi; nel XIV secolo, quella di Mastino della Scala; nel XV secolo quello veneziano. Durante la sottomissione alla Serenissima Puegnago entrò a far parte della Valtenesi. La peste del 1630 non risparmiò di toccare anche questi luoghi, portando sofferenze e gravosi lutti. Puegnago si vide attraversata da scorrerie di banditi durante il XVII secolo, tra i quali ricorda amaramente il temibile Dominisette che costrinse la popolazione a atroci soprusi. Con la venuta dalla guerra di successione spagnola, vi furono truppe armate di francesi e spagnoli che depredarono Puegnago del denaro della Compagnia del Santissimo Corpo di Cristo e di molti arredi sacri contenuti nel suo interno. Motivo di orgoglio della popolazione fu la grande forza di solidarietà nei confronti dei paesani vicini, alla fine della battaglia di San Martino, portando soccorso ai numerosi feriti. Dal 1818 al 1825 Puegnago, Soiano e San Felice furono tra loro aggregati, mentre solamente nel 1928 a Puegnago fu unita Raffa. La derivazione di nome tanto particolare viene fatta risalire all’epoca romana, dal romano "Popinius" divenuto "Popiniacus" in seguito a una forma di romanizzazione.