Dank der Funde einiger Reste von Pfahldörfern im kleinen Sogenivo-See konnte man feststellen, daß diese Gegend bereits in vorgeschichtlicher Zeit besiedelt wurde. Bei einem Besuch des Monte Boccale kann man Grabsteine aus römischer Zeit sehen; einer der spektakulärsten ist in das Tor der Pfarrkirche von San Michele eingemauert. Das Dorf erlebte verschiedene Herrschaften, darunter die longobardische, was durch einige Eigentumsdokumente belegt wird; im vierzehnten Jahrhundert dann die von Mastino della Scala, gefolgt von der venetianischen im XV. Jahrhundert. Während der Herrschaft der Serenissima wurde Puegnago Teil der Valtenesi. Die Pest im Jahre 1630 ging auch an diesem Ort nicht vorbei und brachte Schmerz und Trauer über das Land. Dann wurde Puegnago im siebzehnten Jahrhundert von Räuberbanden heimgesucht, darunter ist besonders der furchterregende Dominisette in trauriger Erinnerung, von dem die Bevölkerung schreckliche Übergriffe erdulden mußte. Mit dem spanischen Erbfolgekrieg kamen französische und spanische Truppen ins Land, die Puegnago das Geld der Compagnia del Santissimo Corpo di Cristo (Gesellschaft des heiligen Korpus Christi) und kirchliche Einrichtungsgegenstände aus der Kirche raubten. Grund zum Stolz der Bevölkerung war der tatkräftige Einsatz für die vielen Verletzten aus den umliegenden Ortschaften am Ende der Schlacht von San Martino. Von 1818 bis 1825 wurden Puegnago, Soiano und San Felice vereinigt, während Raffa erst im Jahre 1928 angeschlossen wurde. Die Ableitung des so besonderen Namens wird auf die römische Epoche zurückgeführt, und zwar auf den Römer "Popinius", später auf Grund einer Romanisierung in "Popiniacus" umgewandelt.