La Rocca di Malcesine risalirebbe agli ultimi secoli del primo millennio a.C., ma più attendibile risulta la notizia che un castello sia stato costruito dai Longobardi, verso la metà del primo millennio d.C.
Il castello venne distrutto dai Franchi nel 590. Fu da loro stessi riedificato ed ospitò nel ’806 il re Pipino, giunto a Malcesine per visitare i Ss. Benigno e Caro. Dopo le invasioni degli Ungari, entrò a far parte dei feudi vescovili veronesi.
Nel 1277 divenne dominio di Alberto della Scala. Rimase sotto gli Scaligeri fino al 1387. Interventi risalenti a questo periodo diedero origine all’attuale denominazione: "Castello Scaligero". I Visconti di Milano lo occuparono dal 1387 al 1403. La Repubblica di Venezia lo incorporò nel 1405. L’Impero lo riconquistò nel 1506. Ritornò alla Repubblica fino dal 1516 al 1797. Poi passò ai Francesi. Nel 1798 ai Francesi subentrarono gli Austriaci, i quali eseguirono consistenti lavori di consolidamento all’interno del Castello ed qui rimasero fino al 1866. Da quell’anno seguì le sorti del Veneto.
Il 22 agosto del 1902 venne dichiarato Monumento Nazionale e ad oggi ospita anche il Museo di storia naturale del Baldo-Garda.